Tidak lama setelah kemerdekaan Republik Indonesia (1945), beberapa tokoh nasional yang juga adalah pemuka-pemuka Kristen Indonesia tergerak dan merasa perlu untuk mendirikan Dewan Gereja di Indonesia (DGI). Harapan tersebut baru terlaksana pada tanggal 25 Mei 1950. Di awal kegiatannya, lembaga ini juga telah memberikan perhatian yang cukup besar pada masalah pendidikan karena saat itu bangsa Indonesia sangat memerlukan sumber daya manusia untuk mengisi lapangan kerja dalam berbagai aspek kehidupan. Kebutuhan ini sudah bersifat mendesak.

Pemikiran akan inginnya masyarakat Kristen Indonesia untuk turut berpartisipasi dalam dunia pendidikan terus berkembang dalam diskusi-diskusi yang terjadi di lembaga ini. Bahkan dipikirkan pula akan perlunya mendirikan sebuah “universiteit”. Atas dasar itulah, DGI membentuk suatu komisi yang dipimpin oleh Prof. Dr. I.P. Simanjuntak, MA. Komisi ini bertugas membuat suatu studi kelayakan untuk mendirikan universitas yang hasilnya dilaporkan kepada DGI. Sebagai tindak lanjutnya, DGI mengeluarkan resolusi mengenai Universiteit Kristen pada tanggal 30 Juni 1953. Resolusi yang ditandatangani oleh Ds. W.J. Rumambi, selaku Sekretaris Umum DGI, dalam Sidang Lengkap DGI dari tanggal 20-30 Juni 1953 mengusulkan kepada semua gereja dan masyarakat Kristen di Indonesia untuk membantu sepenuhnya pendirian Universiteit Kristen, baik secara moril maupun materil.

Beranjak dari resolusi tersebut, maka tokoh-tokoh Kristen Indonesia, yakni Mr. Todung Sutan Gunung Mulia, Mr. Yap Thiam Hien, Benjamin Thomas Philip Sigar, atas nama gereja-gereja yang tergabung dalam DGI (sekarang PGI), mendirikan Yayasan Universitas Kristen Indonesia di hadapan notaris Raden Kadiman, dengan nomor akte 117, tertanggal 18 Juli 1953. Anggota Yayasan kemudian diperbesar dengan kehadiran Elviannus Katoppo, Ong Jan Hong MD, Aminudin Pohan MD, Seri Condar Nainggolan MD, Benjamin Prawirohadmodjo, Pdt. Komarlin Tjakraatmadja, Gerrit Siwabessy MD, Tan Tek Heng, dan J.C.T Simorangkir. Tiga bulan kemudian, yaitu pada tanggal 15 Oktober 1953, diresmikanlah Universitas Kristen Indonesia (UKI) yang terdiri dari:

Fakultas Sastra dan Filsafat, dengan Sub-fakultas: Pedagogik dan Sastra, dan Fakultas Ekonomi.

Ketika itu, perkuliahan dan kegiatan administrasi masih berlangsung di gedung HSK yang terletak di Jl. Diponegoro 86, dan di tiga buah flat di Jl. Salemba 10. Dalam perjalanan pengabdiannya, didirikanlah Fakultas Hukum (1956), Fakultas Kedokteran (1962), Fakultas Teknik (1963), dan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik (1994).

Hingga saat ini UKI telah memiliki 8 fakultas yang terdiri dari Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP), Sastra (FS), Ekonomi (FE), Hukum (FH), Kedokteran (FK), Teknik (FT), Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIPOL), Fakultas Vokasi yang memiliki 3 program studi terdiri dari Fisioterapi, Keperawatan, dan Perbankan, serta Program Pascasarjana.