Pada tahun 1962 , dibuka fakultas Tarbiyah, dan pada tahun 1963 dibuka 3 (Tiga) fakultas , yaitu Fakultas Hukum, Fakultas Teknik dan Fakultas Ekonomi. Selanjutnya pada tanggal 19 juni 1963 UMJ dikukuhkan pendiriannya melalui Akte Notaris Raden Soerojo Wongsowidjojo di Jakarta. Hingga saat ini UMJ telah memiliki 9 (Sembilan) Fakultas dengan 43 Program Studi, meliputi Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, Fakultas Teknik, Fakultas Agama Islam, Fakultas Pertanian, Fakultas Kedokteran, dan kesehatan, Fakultas Ilmu Pendidikan, dan Fakultas Ilmu Keperawatan serta sekolah Pasca Sarjana, yang memiliki sejumlah program magister , meliputi Magister Ilmu Hukum, Magister Studi Islam, Magister Manajemen, Magister Ilmu Administrasi , Magister akuntansi , Magister Kesehatan Masyarakat, dan Magister Ilmu Keperawatan. Saat ini UMJ tengah memproses dibukanya program doctor untuk bidang Ilmu Agama, Manajemen dan Bisnis, serta ilmu Hukum. UMJ telah meluluskan lebih dari 35.000 mahasiswa yang tersebar diberbagai instansi pemerintah, swasta, maupun membuka wirausaha mandiri.
