Unika Atma Jaya merupakan buah gagasan yang dibahas pada rapat para Uskup se-Jawa pada Juni 1952. Dalam pertemuan itu diutarakan kemungkinan pembentukan suatu perguruan tinggi Katolik di Indonesia. Di Jakarta gagasan itu terwujud sejak didirikannya Yayasan Atma Jaya oleh sekelompok cendekiawan muda Katolik pada tanggal 1 Juni 1960. Yayasan inilah yang kemudian mendirikan sebuah perguruan tinggi Katolik dengan nama Universitas Katolik Indonesia Atma Jaya. Mereka antara lain: Ir. J.P. Cho, Drs. Lo Siang Hien-Ginting, Drs. Goei Tjong Tik, I.J. Kasimo, J.B. Legiman, S.H., Drs. F.X. Seda, Pang Lay Kim, Tan Bian Seng, Anton M. Moeliono, St. Munadjat Danusaputro, J.E. Tan, Ben Mang-Reng Say.
Pada tahun-tahun awal, Unika Atma Jaya dibantu oleh para suster Ursulin, dengan menyediakan ruang kuliah di kompleks persekolahan Ursulin, di Jalan Lapangan Banteng Utara dan kompleks Santa Theresia, Menteng. Sejak tahun 1967, Atma Jaya berangsur-angsur menempati kampus di Jalan Sudirman yang terkenal dengan nama kampus Semanggi. Selanjutnya menempati kampus Pluit, di Jakarta Utara untuk Fakultas Kedokteran (FK), Rumah Sakit Atma Jaya (RSA), dan Rumah Duka Atma Jaya.
